实验室目前实行学术委员会指导下的课题组长专家负责制，其工作人员主要由实验室聘任的专职人员组成，另聘任部分兼职人员，保持有足够稳定的专职研究人员和技术人员，实验室实行目标管理，实行“内外开放”的机制，吸引、联合国内外有优势或有特色的研究单位和优秀的科学家来实验室开展合作，与国内外科研机构、大学或企业建立良好的互动关系，引进国内外先进技术。
实验室建立了完备的实验室管理总则和细则，大型仪器设备由专人维护管理，实验室开放共享；日常科研工作如课题申报、研究生培养、论文撰写、发表、成果转化皆以课题组为基本单位，由重点实验室统筹管理。为使实验室高效运行，促进资源共享，促进与其他实验室的合作，产生更大的绩效，还采取了以下机制促进实验室各项工作的运行和发展。
（1）资源共享制：合作各方的人力和物力资源在实验室的发展中纳入可协调使用的共同资源。仪器设备状况在实验室网站上公布，实行预约使用。在专用仪器设备的更新和添置上，根据各自的学科优势作为管理单位，投资经费者为资产管理方，向其他各方开放使用，提高设备利用价值。属于合作攻关的项目，按照仪器设备所在单位的内部结算标准收费使用。
（2）互助优先制：合作各方创造条件，优先满足实验室参建各方在承担科学研究、技术攻关、产业开发和人才培养与教育培训等方面的配合工作。
（3）项目责任制：合作各方在共同承担的科研开发工作中，以项目申请时的约定或实施过程中的商定，分解工作任务和可使用的经费，按照分工要求按时完成各自的工作，积极协作，经费包干，责任自负。
（4）利益分享制：合作完成项目的知识产权的单位所属的排名按照委托方或投资方预先的要求经过协商确定；知识产权所属的个人排名按照在实际工作中相关科研人员的创新贡献大小，由项目负责人提出排名顺序并经相关科研人员中三分之二以上的成员认定后确定。合作完成的项目在产业化后获得的收益或奖励，按照实际贡献大小或预先的约定，由项目负责人提出方案分解到参与的单位或个人，共同分享所获得的利益。
实验室成立了由校长牵头的重点实验室领导小组，建立了重点实验室管理办公室，专门协调重点实验室有关事宜。学校在人事聘任、科研实验用房、仪器设备添置、科研信息网络建设等多方面均给予了优惠倾斜政策。
实验室聘请了由10多名相关领域的国内外知名专家组成学术委员会，中青年专家占学术委员会的2/3以上。每年实验室举行一次实验室学术委员会全体会议，来评估实验室科研工作，探讨和制定实验室年度发展规划、开放合作等重要事宜。
为加强国内外交流合作，扩大深度和广度，实验室每年资助5名以上左右的中青年学者出国交流访问；每年设立5-10项、单项资助强度为2-5万元的开放基金课题，吸引中青年高级访问学者来实验室访问研究。